Alcune infezioni opportunistiche quali la tubercolosi possono verificarsi in qualunque stadio dell'infezione da HIV. La maggior parte delle infezioni opportunistiche, invece, si manifesta in funzione della gravità della compromissione immunitaria. Negli stadi iniziali di malattia, sono più frequenti le infezioni batteriche cutanee e l'herpes zoster. Quando la conta dei linfociti CD4+ è inferiore a 350/mmc è probabile la comparsa di candidosi orofaringea e di leucoplachia orale villosa. Nei pazienti con CD4+ inferiori a 300/mmc, aumenta la prevalenza della pneumocistosi polmonare (PCP), dell'encefalite toxoplasmica, delle infezioni micotiche ed erpetiche disseminate e, per livelli di linfociti CD4+ inferiori a 50/mmc, della corioretinite o della malattia disseminata da citomegalovirus e delle infezioni da micobatteri non tubercolari.

Il limite di questa classificazione è che non ha valore prognostico, considerando solamente il livello di nadir (cioè il valore più basso) dei CD4. Infatti un soggetto con AIDS conclamato, classificato al gruppo C3, può ricostituire il proprio patrimonio immunologico, grazie alle terapie antiretrovirali altamente efficaci (HAART), per così dire, "retrocedendo" nel sistema classificativi.

i tumori AIDS correlati
Nei pazienti con infezione da HIV, si riscontrano, con maggior frequenza rispetto alla popolazione generale, alcune malattie neoplastiche quali sarcoma di Kaposi (KS), linfomi e carcinoma invasivo della cervice uterina. In queste neoplasie, si riconosce un agente virale, come elemento patogenetico iniziale.
Il sarcoma di Kaposi è una neoplasia endoteliale, determinata dall'infezione del virus erpetico HHV-8, trasmesso abitualmente per via sessuale o attraverso contatto con sangue. Il tumore inizia generalmente come una piccola area simil-ecchimotica della cute che evolve in noduli o placche. L'infezione può rimanere localizzata alla cute o alle mucose, oppure evolvere in maniera metastatica a tutti i visceri.
I linfomi AIDS-correlati sono generalmente a cellule B (più raramente a varietà T) e derivano da una coinfezione con il virus EBV. La manifestazione clinica più frequente è rappresentata dal linfoma primitivo dell'encefalo che si manifesta abitualmente come lesione occupante spazio, da porre in diagnosi differenziale con l'encefalite toxoplasmica.
Il carcinoma invasivo della cervice uterina è stato inserito tra le neoplasie AIDS-correlate a partire dal 1993, a seguito del riconoscimento della rapida progressione neoplastica delle lesioni HPV-correlate della cervice dell'utero. I sierotipi più frequentemente coinvolti sono il 16 e il 18.

le infezioni opportunistiche dell'apparato respiratorio
La più comune infezione opportunistica in corso di AIDS è la polmonite da P.carinii (PCP). Prima dell'avvento delle terapie combinate altamente efficaci (Highly Active Antiretroviral Therapy: HAART) e dell'utilizzo sistematico della profilassi primaria nei soggetti con CD4+<200/mmc, la PCP colpiva oltre l'80% dei pazienti con AIDS. Questa patologia determina un quadro di interstiziopatia polmonare febbrile e spesso provoca insufficienza respiratoria .
La tubercolosi (TB) polmonare complica la storia naturale dell'infezione da HIV con sempre maggior frequenza. Spesso i pazienti con infezione da HIV presentano manifestazioni tubercolari extrapolmonari. La diagnosi di TB è ostacolata da fatto che questi soggetti, perdono precocemente, nella storia naturale dell'infezione, la cutireattività tubercolinica .
Nei pazienti con CD4+<50 /mmc il polmone può essere interessato da infezioni disseminate da micobatteri non tubercolari (MOTT), in particolare, il complesso M.avium-intracellulare può portare a manifestazioni localizzate d'organo o, più frequentemente, di tipo sistemico. La diagnosi avviene abitualmente per identificazione colturale da emocoltura.
Altri microrganismi in grado di causare infezioni polmonari sono i miceti (in particolare Candida spp. e Cryptococcus neoformans); alcuni batteri acquisiti in comunità o nosocomiali (Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae, Legionelle pneumophila) in grado di determinare polmoniti batteriche ricorrenti, o, infine batteri intracellulari quali Rhodococcus equi e Nocardia asteroides responsabili di escavazioni polmonari.

le infezioni opportunistiche dell'apparato digerente
Le infezioni opportunistiche dell'apparato digerente sono assai tipiche e comprendono la stomatite e l'esofagite da Candida spp., malattie ulcerative da virus herpes simplex e citomegalovirus, enteriti da batteri quali Shigella spp, Campylobacter jejuni e Salmonella spp. in grado di dare manifestazioni setticemiche.
Frequenti sono anche le malattie da protozoi quali Giardia lamblia, Isospora belli, Entamoeba histolytica. Le patologie enteriche da microsporidi e cripotosporidi, rimangono di difficile riscontro diagnostico provocando sindromi diarroiche gravi senza che esista a tutt'oggi un trattamento specifico nei loro confronti.

le infezioni opportunistiche del sistema nervoso centrale e periferico
Circa il 60% dei pazienti con AIDS presenta sintomi neurologici nel corso della malattia. HIV ha uno specifico neurotopismo, determinando un quadro di encefalite cronica denominata AIDS Dementia Complex. Si possono distinguere la patologie causate direttamente dall'infezione da HIV e quelle opportunistiche conseguenti al quadro di immunodepressione determinato dal virus. Tra le infezioni virali, le più frequenti sono l'encefalite da CMV e la leucoencefalopatia multifocale progressiva (PML) causata dal virus JC, più rare le encefaliti da virus herpes simplex, virus della varicella e dello zoster e adenovirus. L'infezione protozoaria più comune è l'encefalite da Toxoplasma gondii. Questa patologia si presenta radiologicamente con lesioni ascessuali, talora multiple, localizzate prevalentemente in regione periventricolare e nella zona giunzionale, con cercine di contrast enhancement ed edema perilesionale .
Criptococcus neoformans è un micete responsabile di un quadro di meningite a liquor limpido.
L'interessamento del sistema nervoso periferico è caratterizzato da mononevriti e poliradicolonevriti infiammatorie acute demielinizzanti (tipo Guillain-Barrè), più frequenti nelle fasi terminali dell'infezione da HIV. Più comuni sono le polineuropatie distali simmetriche prevalentemente sensitive.

le infezioni opportunistiche della cute e mucose superficiali
Nei soggetti HIV-sieropositivi si possono riscontrare, con un'evoluzione spesso più grave e protratta rispetto alla popolazione generale, tutte le patologie infettive dermatologiche note.
Ricordiamo in particolare la candidosi orofaringea, la leucoplachia villosa orale e la dermatite seborroica. Tra le infezioni virali, di frequente riscontro sono le infezioni da virus della varicella e dello zoster (zoster multimetamerico e varicelliforme), da virus herpes simplex (ulcere croniche), da Poxviridae (mollusco contagioso disseminato) e da Papillomavirus (condilomi acuminati). Di comune osservazione sono anche le patologie muco-cutanee da alterata reattività (psoriasi, dermatiti esantematiche o esfoliative).
Il sarcoma di Kaposi è una neoplasia che origina degli endoteli vascolari e si può presentare con localizzazioni cutanee, cutaneo-mucose o viscerali.

le infezioni opportunistiche dell'apparato emopoietico
Di frequente riscontro sono anemia, leucopenia e piastrinopenia. L'anemia e la leucopenia sono spesso conseguenza di malattie linfoproliferative o sono secondarie a infezioni opportunistiche (CMV, micobatteri, parvovirus) o a trattamenti mielotossici.
Una splenomegalia, espressione di patologie opportunistiche (micobatteriosi, malattie linfoproliferative, salmonellosi) o di epatiti croniche può contribuire ad aggravare le alterazioni della crasi ematica.

le infezioni opportunistiche dell'occhio
HIV può essere causa diretta di una retinite con lesioni "a fiocco di cotone" o favorire la comparsa di altre infezioni opportunistiche tra cui la più frequente è la corioretinite da CMV, caratterizzata da ampie aree essudative granulose con imponenti emorragie a fiamma. Questa patologia conduce frequentemente a cecità.
Con l'avvento delle terapia antiretrovirali altamente efficaci (HAART) l'incidenza delle infezioni opportunistiche è diminuita in maniera rilevante. L'incremento dei valori di CD4+ che consegue abitualmente all'instaurazione delle terapie antiretrovirali determina infatti una diminuzione del rischio di riattivazione delle infezioni opportunistiche, tali da potere sospendere le profilassi primarie o secondarie per la PCP, la toxoplasmosi cerebrale, la criptococcosi meningea e le infezioni da micobatteri atipici.